辣椒中的辣椒素会使循环血量增加，心跳加快，诱发心动过速。因此心脑血管疾病患者应少吃辣椒，否则会妨碍病情的好转。

辣椒素是通过肾脏排泄的，对肾脏有一定的刺激作用，如果肾不好的人经常吃辣，会加重肾脏负担。

辣椒素会引起胃酸分泌增加，胃酸多了可引起胆囊收缩，导致胆道口括约肌痉挛，造成胆汁排出困难，从而诱发胆囊炎、胆绞痛及胰腺炎。

辣椒素具有刺激性，会加重便秘症状。痔疮患者进食后还可能引起痔静脉充血和水肿，导致疾病恶化，诱发肛门脓肿。

辣椒刺激性较大，不但会诱发疼痛，还会刺激溃疡面，使其进一步扩大，久病不愈。

有角膜炎、红眼病等问题的人如果吃了辣椒，很可能会造成眼皮肿胀、眼睛发烫甚至眼压升高等不适症状。

甲亢患者本身心率就很快，食用辣椒后，心跳速度会更快，症状更为明显。

患慢性胃炎、胃溃疡、食管炎的人如果经常吃辣，辣椒素会刺激黏膜充血水肿，加速肠胃蠕动，从而引起腹泻、腹痛等症状，对消化功能也会有影响。

辣椒不仅会抵消某些药物的疗效，而且可能加重病情。正在服用以下几类药的人应该少吃辣椒，清热滋阴中药（如蛇胆川贝枇杷膏）、皮肤病药物（如维甲酸软膏等）、胃肠道药物（如黏膜保护剂等）、痔疮膏（如化痔栓、痔疮膏等）。